Сюжет «Яйца ангела» нелегко передать словами. Это аниме скорее о форме, нежели о содержании, тут предпочитают недомолвки прямым откровениям. Философичность фильма подчёркивается диковинной мрачноватой графикой и редкими диалогами героев, не проясняющими происходящее, а даже ещё более запутывающими. В «Яйце ангела» всего два главных персонажа - маленькая девочка, не расстающаяся с загадочным яйцом, и мужчина, носящий с собой странный крест. Зрителям предоставляется самим поразмыслить о том, кто же они такие и что делают в окружающем их пугающем мире. Впрочем, любые чёткие ответы только нарушили бы таинственность этого философского фильма.