История в «Steins,Gate» разворачивается спустя год после событий «Chaos,Head».

Напряженный сюжет игры частью проходит в реалистично воссозданном районе Акахибара, в знаменитом месте шопинга отаку в Токио. Завязка сюжета такова: группа друзей монтируют в Акихибаре некое устройство для посылки текстовых сообщений в прошлое. Экспериментами героев игры заинтересовывается таинственная организация под именем СЕРН, которая так же занимается собственными исследованиями в области путешествия по времени. И теперь друзьям приходится приложить гигантские усилия для того что бы не быть захваченными СЕРН.